Наша школа имеет свою давнюю историю. Она прошла долгий путь, разные этапы становления ее развития. В середине XIX века (точная дата ее основания пока не установлена) появилась дацанская школа при Санагинском буддийском монастыре, который находился в местности Мунгэн Добуун. От этой дацанской школы и берет свое начало Санагинская средняя школа.
Со второй половины XIX века в казачьих станицах и поселках Закамны начали действовать церковно-приходские и инородческие школы.
Таким образом, в 1890 году в Ключевском пограничном поселке была открыта первая в Закамне русско-монгольская инородческая школа для сыновей казаков. Учащиеся занимались в отдельных домиках, приспособленных под школы. Детей чтению и письму обучали в основном учителя, прошедшие краткосрочные курсы подготовки учительских кадров. Директором этой школы был Даниил Алтаевич Абашеев. С 1912 года учителем работал Павел Александрович Кулаков, немного позже Я.Г.Мандаганов, выпускник этой школы. В это же время работали и местные знатоки старомонгольской письменности Юмдэлык Балданов, Жигжит Унтанов, Будажап Жалсанов. Выпускниками школы были казачий урядник Дамним-Цырен Бичиханов, Ямпил Мандаганов, в будущем работник Министерства финансов республики в 30-е годы, подполковник в отставке Дугар-Цырен Унтанов, Дарма Шадараев и другие.
В 1922 году была открыта Санагинская начальная школа. В стенах Санагинской школы учились заслуженные учителя Бурятской АССР Дымпилов М.Ш., Чимитов Л.Ж., Шойдоков Б.Ш., Дамчеева Д.Д.. В 1934 году начальная школа была преобразована в семилетнюю. В течении многих лет (где то около 20-ти лет) руководили школой Ажеев Д.П. и Лаврентьев Д.В..
В 1939 году школа преобразована в среднюю, но война прервала учебу учащихся 9-х классов. Многие из них награждены орденами и медалями. Среди них полный кавалер орденов Славы Дамчеев Б.М., кавалер двух орденов Ванчиков Н.Ш..
В трудные военные и послевоенные годы в этой школе работали учителями Д.П.Ажеев, Д.В. Лаврентьев, О.Н. Аюшеев, С.Х. Санжитов.
В 1952 году школа стала средней. В 50-60-х годах работали Е.З. Янгутов, Е.Е. Балдакшинова, М.Ш. Дымпилов, Д.Д. Дамчеева, М.Н. Хингелов, К.И. Хамаганова, Б.Ш. Шойдоков. Директором школы был С.П. Дугаров. В эти годы школа считалась в республике передовой по многим позициям. Большой след в жизни школы оставили С.А. Тармаев, Б.Ш. Шойдоков.
С 1958 по 1977 год директором работал С.А. Тармаев, умелый руководитель и отличный преподаватель, кавалер ордена Трудового Красного Знамени, отличник просвещения СССР. В эти же годы работал завучем Б.Ш. Шойдоков- кавалер ордена «Знак Почета», ордена Славы III степени, ордена дружбы, Заслуженный учитель школы РБ, отличник просвещения СССР, член Союза писателей Бурятии и России.
В течение 30-ти с лишним лет писали историю школы ветераны педагогического труда Цыренов Б.Б., Санжиева М.Н., Бахутов Б.Б., Мархаев В.С., Пунсукова Р.Ц., Хадаев В.Ш., Цыренова С.Ц., Балданова В.Ц., Цыбенова Н.Ш., Бахутова Н.Н., Гармаева Ц.Н., Потапова А.Н., Зомонова С.Т., Будаева Д.Д., Логинова В.Ц., Бабуева З.Д., Цыренов С.Д.. Их с большой благодарностью и любовью вспоминают жители села. Благодаря им Санагинская средняя школа стала центром образования и культуры не только для жителей Санаги но и всей верхней части Закаменского района.
Из стен школы вышло много ученых: доктор философских наук, профессор Л.Е. Янгутов; Д.Х. Лыгденова – доктор геохимических наук; кандидаты технических наук – В.Б. Гунзенов, Р.М. Дымпилов, В.Ц. Бальжанов; кандидат медицинских наук Д.Д. Доржиев; доктор технических наук – С.О. Никифоров, а также много юристов, артистов, инженеров, экономистов, специалистов сельского хозяйства, врачей, учителей, работников культуры и военных.
На руководящих постах районного и республиканского уровней работали и работают С.С. Бадмаев, В.Р. Соктоев, Б.Д. Очиров, Р.Л. Бандеев, В.Д Порхоев, Д.Д. Доржиев, В.Д. Жалсанов, В.Ц. Будаев, О.Ц. Гонжитова, В.Ц. Бальжанов, Е.С. Дамбаева, Р.Б. Дымбрылова, а также санагинцы, награжденные орденами: орденом Ленина связист Б.Д. Бальжуров, Трудового Красного Знамени – С.Х. Санжитов, С. Б. Гундуева, В.Ж. Цыденов; Дружбы народов – В.Р. Шагдурова; офицерами в отставке являются В.Б. Шагжеев, Ц-Д.Б. Аюшеев и др.
В условиях перехода на рыночные отношения, гуманизации и гуманитаризации образования школа впитывает все лучшее, передовое из достижений общероссийской и зарубежной школы и культуры. Школа Санаги становится базой культурно – образовательного комплекса вместе с ДМШ, ДК, ДЮСШ, музеем, библиотекой, детским садом и дацаном. Она располагает 4 учебными корпусами, мастерской,библиотекой, компьютерным классом и в числе немногих в Бурятии телестудией.
Школа выбрала направление по обучению и воспитанию поликультурной личности в современных условиях. Особое внимание уделяется изучению английского языка, экономики и краеведения.
